Chalcedon kann sowohl primär als auch sekundär aus kieselsäurehaltigen Lösungen entstehen . Bei magmatischem Ursprung (primär) kann die Kieselsäure durch Verwitterung freigesetzt oder durch den Verfall organischen Materials (sekundär) gebildet sein. Chalcedon bildet sich nicht durch Abkühlung, sondern durch langsames Austrocknen. Ein immer zähfließenderes Kieselsäure-Gel entsteht, später Opal, Cristobalit und letztendlich der mikrokristalline, faserige Quarz.
Varietäten:
Blauer Chalcedon: hellblau transparent bis gebändert (durch Kristallisieren aus fließender Lösung), Farbe durch Tyndall-Effekt. Vorkommen: Namibia, Türkei, Südafrika (gebändert)
Chrom-Chalcedon: grün transparent bis gebändert (die farbgebende Substanz ist Chrom) Vorkommen: Türkei
Dendriten-Chalcedon: baum- bis moosähnliche schwarze Einschlüsse (griech. dendron = Baum). Vorkommen: Brasilien, Türkei
Kupfer-Chalcedon: blau-grün mit metallisch rotbraunen Punkten (Farbe durch Kupfereinschlüsse). Vorkommen: Türkei
Plasma: dunkelgrüner Chalcedon durch Eisensilikat-Einschluß. Vorkommen: Brasilien
Rosa Chalcedon: Farbe durch Mangan-Spuren. Vorkommen: Türkei
Roter Chalcedon: Farbe durch Eisenoxide. Vorkommen: Indien, Rußland